Κυπριακές ποικιλίες ελιάς (Olea europea L.)

19 Κ Υ Π Ρ Ι Α Κ Ε Σ Π Ο Ι Κ Ι Λ Ι Ε Σ Ε Λ Ι Α Σ Α, τραχύτητα επιφάνειας, αριθμός αυλακώσεων στη βάση, κατανομή αυλακώσεων στη βάση, παρουσία ακίδας. Η μορφολογική ανάλυση διενεργήθηκε σε αντιπροσωπευτικό δείγμα 50 ενδοκαρπίων ανά δένδρο για τουλάχιστον τρεις καλλιεργητικές περιόδους από δένδρα με ικανοποιητική παραγωγή και τυπική μορφολογία καρπού. Για κάθε καταχώρηση, η συνδυασμένη έκφραση των 11 μορφολογικών χαρακτήρων του ενδοκαρπίου αποτέλεσε το μορφολογικό της προφίλ ή φαινότυπο. Σε κάθε μορφολογικό προφίλ που προέκυψε δόθηκε αριθμητικός κωδικός (Πίνακες 1 και 2). Γενετική ανάλυση. Έγινε απομόνωση ολικού γενωμικού DNA από φρέσκα, νεαρά φύλλα ελιάς με ειδικά προσαρμοσμένο εργαστηριακό πρωτόκολλο (Murray and Thompson, 1980; de la Rosa et al., 2002). Ακολούθως, το DNA ενισχύθηκε με την αλυσιδωτή αντίδραση της πολυμεράσης (PCR) και τη χρήση 14 διαφορετικών μικροδορυφόρων [SSR; ssrOeUA-DCA3, ssrOeUA-DCA9, ssrOeUA-DCA11, ssrOeUA-DCA15, ssrOeUA-DCA16, ssrOeUA-DCA18 (Sefc et al., 2000), GAPU-59, 71B, 101, 103A (Carriero et al., 2002), UDO99-011, 019, 024, 043 (Cipriani et al., 2002)]. Η ανίχνευση των προϊόντων ενίσχυσης έγινε με αυτόματο εξειδικευμένο αναλυτή (ABI 3130 Genetic Analyzer). Οι ποικιλίες «Frantoio» και «Picual» χρησιμοποιήθηκαν ως μάρτυρες σε όλες τις αναλύσεις. Ο συνδυασμένος χαρακτηρισμός με τους 14 SSR μοριακούς δείκτες αποτέλεσε το γενετικό προφίλ κάθε καταχώρησης, στο οποίο δόθηκε ειδική σήμανση-αρίθμηση (Πίνακες 1 και 3). Στατιστική ανάλυση. Με τη χρήση ειδικού λογισμικού (Power Marker V3.23; Liu and Muse, 2005) έγινε προσδιορισμός των ακόλουθων παραμέτρων: μέσος αριθμός αλληλομόρφων (Na); αριθμός μοναδικών αλληλομόρφων παρόντων σε ένα μοναδικό γενότυπο (Nu); παρατηρούμενη ετεροζυγωτία (Ho); αναμενόμενη ετεροζυγωτία (He) και δείκτης πολυμορφισμού (PIC) (Botstein et al., 1980). Τέλος, η πιθανότητα ταυτοποίησης (PI) (Paetkau and Strobeck, 1994) για κάθε γονιδιακή θέση και για όλη την SSR σειρά (συσσωρευμένη PI) υπολογίστηκε με τη χρήση του λογισμικού Gimlet v1.3.3 (Valiere, 2002; Πίνακας 4). Η αξιολόγηση των γενετικών σχέσεων μεταξύ των διαφορετικών γενοτύπων έγινε με τη δημιουργία βάσης δεδομένων στην οποία τα ενισχυμένα αλληλόμορφα κωδικοποιήθηκαν ως παρόντα (1), ή απόντα (0). Αυτή η βάση δεδομένων χρησιμοποιήθηκε για τη διενέργεια ανάλυσης συστάδων βασισμένης στη μέθοδο μη σταθμισμένης κατά ζεύγη μέσης διασύνδεσης (UPGMA) χρησιμοποιώντας τον δείκτη συγγένειας Dice (Dice, 1945) με το λογισμικό πρόγραμμα NTSYS-PC v2.02 (Rohlf, 1998).